西暦2008年、核兵器をはるかに上回る超磁力兵器によって世界の半分が消滅し、人類は絶滅の危機に直面していた。
そして20年後、『のこされ島』といわれる島でおじいと二人で暮らしていた少年コナンは、島に漂着した少女ラナと知り合う。しかし、ラナを追ってきた『インダストリア』の
工作員・モンスリーたちによってラナは連れ去られ、その騒ぎに巻き込まれておじいは死んでしまう。コナンはラナを助け出すために島を後にした。そして、初めての仲間のジムシー
や、バラクーダ号の船長ダイスと知り合い、コナンは『インダストリア』へと向かう。
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